Mappato il genoma della fragola coltivata a scopo commerciale
La maggior parte dei genomi di piante, animali e umani sono diploidi, contengono cioè due varianti di ogni gene. Il genoma della fragola contiene otto copie, quasi identiche, di ciascun gene e questo ha fatto sì che il sequenziamento non fosse mai stato effettuato prima, almeno fino allo sviluppo del software DeNovoMAGICTM 3.0 di NRGene.
Il genoma ottoploide della fragola eterozigote è stato analizzato usando le letture prodotte dalla tecnologia di sequenziamento Illumina e poi assemblato dal pacchetto software DeNovoMAGICTM 3.0 di NRGene su cloud in sole due settimane.
"E' emozionante vedere come l'analisi di NRGene, in combinazione con i dati dei sequenziatori Illumina, può essere utilizzata per assemblare in modo rapido e pratico genomi complessi, come quello della fragola - ha dichiarato Ryan Rapp, direttore associato di Agrigenomica per Illumina - Ci auguriamo che questa tecnologia renda accessibile la genomica ai ricercatori di tutto il mondo agrario, contribuendo a migliorare la fornitura di alimenti per renderla più sostenibile ed efficiente".
Il software DeNovoMAGICTM 3.0 di NRGene offre un sequenziamento completo e altamente accurato del genoma nella forma di lunghe sequenze graduali utilizzando le letture di Illumina. Non appena vengono generati più genomi viene utilizzato PanMAGICTM di NRGene per confrontare le sequenze complete del genoma di campioni multipli individuali e quindi cogliere la grande diversità genomica per individuare meglio i tratti positivi in tutte le varietà.
Sachiko Isobe, direttore del laboratorio di genomica e genetica vegetale dell'Istituto di ricerca sul DNA di Kazusa (Giappone), ha dichiarato: "Con i dati di NRGene, i genetisti saranno in grado di accelerare il rilascio di varietà di fragole dalle prestazioni migliori, più resistenti alle fitopatie e con una maggiore conservabilità".
"Il sequenziamento del genoma della fragola dimostra che anche i genomi più complessi possono essere mappati in modo rapido e preciso - ha affermato Gil Ronen, CEO di NRGene - La nostra tecnologia può essere usata per analizzare e sequenziare qualsiasi genoma in tutte le specie".
I risultati in dettaglio sono disponibili sul sito web: nrgene.com/strawberry-results
Il progetto è stato realizzato in collaborazione con l'Istituto di ricerca sul DNA di Kazusa ed è stato sostenuto in parte dal Ministero dell'agricoltura, delle foreste e della pesca del Giappone.
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