Le piante infette da CTV mostrano sintomi variabili a seconda della virulenza del ceppo, della suscettibilità della specie ospite, e della combinazione nesto/portainnesto. I numerosi isolati del virus sono classificati in sei gruppi principali e caratterizzati da ceppi T36, T3, T30, T68, VT, RB.
Attualmente, sono stati sequenziali 42 genomi completi del virus in molti Paesi, di cui solo cinque provenienti dalle zone del Mediterraneo (Spagna, Egitto, Israele e Grecia). Nessuno dei genomi sequenziati proviene dalle aree italiane di produzione di agrumi e dalle varietà italiane.
I ricercatori del Parco Scientifico e Tecnologico della Sicilia hanno svolto un lavoro di sequenziamento del genoma di due isolati del virus CTV (SG29 e Bau282), rappresentativi della popolazione siciliana per diffusione e gravità dei sintomi, su arancio dolce innestato su arancio amaro.
Lo studio è stato pubblicato online sulla rivista scientifica Archives of Virology lo scorso 15 luglio 2015.
L'isolato SG29 (= isolato aggressivo) si caratterizza per la gravità dei sintomi di ingiallimento dei semenzali di arancio amaro e, sotto il profilo economico, per il grave deperimento che induce su piante di arancio dolce innestate su arancio amaro. L'isolato Bau282 è rappresentativo invece di isolati mild, blandi, che non inducono sintomi visibili né su arancio amaro né su piante bimembri di arancio dolce su arancio amaro.
Il deep sequencing di small RNA dei due isolati ha generato pool di sequenze di 13.200.000 per la pianta inoculata con SG29 e 10.400.000 per la pianta inoculata con Bau282. Allineando queste piccole sequenze con un genoma di riferimento è stato possibile ricostruire la sequenza completa del genoma dei due virus che è stata così depositata in Genbank (KC748391, KC748392).
Si tratta dei primi due isolati italiani di CTV completamente sequenziati.
La lunghezza dei genomi di SG29 e Bau282 è rispettivamente di 19.250 bp e 19.259 bp organizzata in 12 ORF e due sequenze non codificanti (3'UTR e 5'UTR). L'analisi effettuata sull'allineamento nucleotidico di 34 genomi sequenziati conferma che SG29 appartiene al gruppo filogenetico VT e Bau282 al gruppo T30.
I ricercatori concludono che l'analisi del genoma, gli studi filogenetici e le indagini di genomica comparativa hanno consentito di identificare la posizione degli isolati siciliani di CTV aggressivi e di fornire informazioni epidemiologiche fondamentali per un miglior controllo della malattia in Sicilia.
Fonte: Grazia Licciardello, Giuseppe Scuderi, Rosario Ferraro, Annalisa Giampetruzzi, Marcella Russo, Alessandro Lombardo, Domenico Raspagliesi, Moshe Bar-Joseph, Antonino Catara, 'Deep sequencing and analysis of small RNAs in sweet orange grafted on sour orange infected with two citrus tristeza virus isolates prevalent in Sicily', 2015, Archives of Virology, DOI 10.1007/s00705-015-2516-x.
Per maggiori info: 'Lotta al virus della tristeza degli agrumi: sviluppo e innovazione'
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